说白了，这就是一个后勤部门，而朱元章也是打过仗的自然明白使用火器的军队对于后勤的依赖程度，因此让会造新式火铳的墨家子弟进入兵部，那肯定比那些之乎者也的儒生要好的多了。
然而值得一提的是，这样的制度到了正德年间就变了，自从正德十四年的“土木堡之变”发生后，大批五军都督府的都督在战场阵亡。时任兵部尚书的于谦为了便宜行事，将原先由五军都督府对军队的管理权和指挥权都划归兵部。
自此，五军都督府的权力被极大削弱。然后到了明朝后期，五军都督府已彻底沦为一个虚有其名的机构了。
而五军都督府和兵部皆为朝廷的行正系统，然后地方一级的军队行正事务则归都指挥使司管理。都指挥使司的领导层依次为：一名正二品的都指挥使、二名从二品的都指挥同知、四名正三品的都指挥佥事。
都指挥使司的下级军事组织由卫、千户所、百户所组成，以其所在地理位置命名。从理论上说，每个卫应该有五千六百名士兵，也就是五个千户所，每个千户所有一千一百二十名士兵，每个百户所有一百一十二名士兵。卫的长官是正三品的指挥使，千户所的长官是正五品的千户，百户所的长官是正六品的百户。此外，明朝还设有直接归都指挥使司节制的守御千户所，人员编制和普通千户所一样。
在明朝中前期，全国共有四百九十三个卫、三百五十九个守御千户所。另外，在都城周围还有七十四个京卫，其中有三十三个卫被划出组成了侍卫上直军，负责保护皇宫安全，这里面就包括了大名鼎鼎的锦衣卫。
所以这四百九十三个卫如果都是满额的话，那么明朝的兵力则是有两百七十多万人了。
当然这只是明朝前期和中期后期因为明朝腐败严重，因此卫所的兵已经出现逃户的现象了。
不过与明朝军队的行正系统比起来，作战系统就算是比较简单明了。当发生战事时，五军都督府的都督或高级别的武将会被任命为临时的大将军或将军，军队从全大明各地卫所中调集至前线。
战事结束后，大将军或将军交出战时指挥权，部队回归各自卫所服役。因此，明朝的大将军或将军其实都是临时工，平时手里是没有什么兵权的。
不过在一些固定的防御地点，比如明朝长城沿线的“九边重镇”，都会常设总兵官作为最高军事指挥。
此外，明朝后期文官节制武将成为常例，因此在战场上真正拥有指挥决策权的都是朝廷任命的总督，总兵官只负责听令和带兵打仗。
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